Benga lahir pada tahun 1883 di Hutan Ituri di tempat yang akan segera menjadi Negara Bebas Kongo (sekarang Republik Demokratik Kongo ). Ia dilahirkan di koloni Mbuti Pygmy, salah satu dari banyak kelompok kecil dari kelompok keluarga besar antara 15 hingga 20 orang.
Pada Konferensi Berlin 1885 yang memisahkan Afrika , Raja Leopold II dari Belgia diizinkan untuk menguasai Negara Bebas Kongo. Untuk membuat miliknya menguntungkan, Leopold mulai mengeksploitasi sumber daya wilayah termasuk karet dan memaksakan kerja paksa pada penduduk termasuk Pigmi Mbuti yang sering diperkuat dengan pemukulan, amputasi, dan pembunuhan.
Sepulang dari berburu, Benga mendapati seluruh keluarga dan desanya telah dibantai oleh Force Publique, pasukan pribadi Raja Leopold dibentuk untuk memberlakukan kuota produksi karet. Benga yang tak berdaya, kemudian diculik oleh pedagang budak dan dipekerjakan sebagai buruh di sebuah desa pertanian.
Pada tahun 1904, Benga dibebaskan oleh Samuel Phillips Verner dengan menegosiasikan pembebasannya dari para pedagang budak untuk satu pon garam dan seikat kain. Verner juga merekrut orang Afrika lainnya untuk kebutuhan pameran, lalu kenudian kelompok itu dibawa ke St. Louis pada Juni 1904.
Orang-orang Afrika ditampilkan dan Ota Benga menjadi "pemain" yang sangat populer yang menarik banyak orang. Pada pameran yang sama dengan kepala Apache Geronimo, keduanya menjadi teman. Untuk usahanya, Verner dianugerahi medali emas dalam antropologi pada penutupan Ekspedisi.
Verner membawa Benga ke Kebun Binatang Bronx di mana dia awalnya dipekerjakan untuk membantu dengan binatang. Namun petugas kebun binatang mulai memamerkannya di Monkey House di mana lagi-lagi ia menarik banyak orang.
Ketika Benga menjadi “daya tarik” yang populer, sekelompok pendeta kulit hitam New York yang dipimpin oleh Pendeta James H. Gordon, menuntut agar dia dibebaskan. Pada akhir tahun 1906, Benga yang berusia 23 tahun dibebaskan ke tahanan Pendeta Gordon yang menempatkannya di Howard Colored Orphan Asylum di New York City .
Pada tahun 1910 Gordon mengatur agar Benga pindah ke Lynchburg, Virginia di mana ia menerima sekolah formal dan pelatihan agama untuk pertama kalinya. Pada 20 Maret 1916, kemungkinan besar karena depresi , Ota Benga bunuh diri di Lynchburg, Virginia. Dia berusia sekitar 33 tahun pada saat kematiannya.